На агротехнологическом факультете открыта магистратура по специальности 7-06-0811-02 «Агрономия».
Прием в магистратуру осуществляется на конкурсной основе из числа лиц, получивших высшее образование первой ступени по следующим специальностям: 74 02 01 Агрономия, 74 02 02 Селекция и семеноводство, 74 02 03 Защита растений и карантин, 74 02 04 Плодоовощеводство, 74 02 05 Агрохимия и почвоведение, 74 02 06 Производство, хранение и переработка продукции растениеводства.
Подготовка магистров осуществляется с отрывом и без отрыва от производства. Срок обучения в магистратуре с отрывом от производства составляет 1 год, без отрыва от производства – 2 года. Поступающие в магистратуру сдают вступительные испытания по специальности, по программам для поступающих в магистратуру, составленным в соответствии с типовыми вузовскими программами по специальностям высшего образования и утвержденным в УО «БГСХА». Без вступительных экзаменов зачисляются в магистратуру лауреаты Республиканского конкурса научных работ студентов ВУЗов РБ, иных республиканских и международных конкурсов научных работ, в случае соответствия указанной дисциплины и дисциплины вступительного испытания по специальности.